Das Ungleichgewicht der Doshas kann sich in einer organischen Störung manifestieren, bevor es zu einer Krankheit bzw. krankhaften Organstörung kommt. Unser Organismus ist ein kybernetisches System, das mit Hilfe seiner komplexen Regelkreise kontinuierlich versucht, Störfaktoren auszugleichen. Beispielsweise bemüht sich der Körper, einen andauernden Vata-Stimulus durch Aktivierung seines eigenen Kapha zu kompensieren. Wenn die Regulationsreserven jedoch einmal erschöpft sind, gleitet der Organismus in eine Krankheit ab und es entsteht ein Energiedefizit.

Nach der ayurvedischen Lehre entstehen Krankheiten dadurch, dass die aus dem Gleichgewicht geratenen Energien eine pathologische Verbindung mit Strukturen des Körpers eingehen. Psyche und Soma werden bei Ayurveda nicht als getrennte Prinzipien der Persönlichkeitsbildung angesehen, sondern als Aspekte der ererbten psycho-physischen Konstitution. Abhängig davon, welcher Konstitutionstyp dominiert – Vata, Pitta oder Kapha – können typische Erkrankungen auftreten.

Durch schwache Verdauungsleistung oder geistige Belastungen entsteht häufig „AMA“ – unverdaute Proteine bzw. Abfallstoffe des Stoffwechsels. Bei der Entstehung eines energetischen Ungleichgewichts verlassen die Doshas Vata, Pitta, Kapha ihren Hauptsitz und verteilen sich in andere Körperbereiche, in die sie nicht gehören. Zugleich nehmen sie auch Gifte (Toxine) mit, die sich in Geweben und Zellen einlagern und die Versorgung, Reinigung und ausreichende Ernährung unserer Körperzellen behindern. Auf zellulärer Ebene kann dies Krankheitsprozesse in Gang setzen.

Behandelt werden die Symptome oder Symptomkomplexe in erster Linie unter Zugrundelegung des Vata-Pitta-Kapha-Systems. Gezielte pharmakologische Effekte von Arzneimitteln werden nur in beschränktem Maß genutzt.